A solução é muito simples, no Windows 2012 o ASP.NET 2.0 e 3.0 estão incluidos no .NET 3.5 como mostra a figura abaixo do Server Manager, bastando instalar o Framework 3.5:
Para habilitar o ASP.NET 2.0 é necessário após instalar o Framework reabrir o wizard e habilitar o ASP.NET 3.5 no IIS:
Pronto, agora os produtos que exigem o ASP.NET 2.0 irão instalar corretamente, como o exemplo abaixo do System Center Service Manager 2012 Portal:
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