Ahoj Honzo,
doporučil bych ti nový server nainstalovat (Windows Server 2008 Ent.), připojit do domény. Pomocí Dcpromo udělat z nového serveru další DC v doméně. Pak přetáhnout role.
IIS zmigruješ pomocí Microsoft Web Deployment Tool ( http://www.iis.net/downloads/default.aspx?tabid=34&g=6&i=1602 ) , postup najdeš například tady ( http://go.microsoft.com/?linkid=8100895 ).
Popsal jsem to trošku zjednodušeně, nicméně doufám, že ti to pomůže.
Pokud budeš potřebovat ještě něco, dej vědět.
Tomáš Pflanzer
http://mstom.blogspot.com/