Denke, Best Practice liegt wohl an euch selber.
Ihr solltet es zumindest als Anlass nehmen die Ordnerstruktur zu überarbeiten und zu schauen, ob Ihr diese Bereinigen und Schlanker gestalten könnt.
Schau doch auch mal, über Suche, wieviele Doppelt vorhandene Dateien bei euch existieren und wie man eventuell das verbessern kann.
Letztendlich haben wir so eine Migration vor einem Jahr gemacht und dabei intensiv das vorhandene Netz überprüft und mit den einzelnen Vorgesetzten gesprochen und dabei eine neue Struktur erstellt. Dabei haben wir auch klar definiert, wie diese zukünftig auszusehen hat (z.B. max. 3 Ebenen usw.).
Seitdem ist die Datenhaltung zurück gegangen und die Anzahl doppelt vorhandener Dateien ist stark zurück gegangen.
Vielleicht hilft dir ja auch Sharepoint weiter, das wäre bei uns der nächste Schritt. Ein DMS auf Basis von Sharepoint, aber das nur by the Way.