Vielleicht löst dies dein Problem:
https://social.msdn.microsoft.com/Forums/vstudio/en-US/6827a2c7-d94d-4da2-98f7-d1631fbe7f9a/dll-path-in-the-iis-app-bin-folder?forum=wcf
oder hier:
https://forums.asp.net/t/1303052.aspx?Tell+IIS+to+load+dll+from+another+directory+not+Bin+web+config+
Hier mal nach "configuration", "system.web" suchen.
Laut .NET wird eben vom Bin-Directory der Anwendung oder GAC geladen. Leider ist nun wohl der IIS die Anwendung.