Mit folgendem Workaround konnten wir uns helfen.
Dass die Buttons "Einstellungen" und "Explorer" im Startmenü erhalten bleiben, haben wir in der Citrix Profilverwaltung folgenden Ausschluss gesetzt:
!ctx_localappdata!\Microsoft\Windows\UsrClass.dat*
Anschließend wurde das Startmenü über Powershell exportiert und in den Default User kopiert.
Export-StartLayout -Path "C:\LayoutModification.xml"
"C:\Users\Default\AppData\Local\Microsoft\Windows\Shell\LayoutModification.xml"
Das Startmenü bleibt zwar nicht erhalten, wird aber immer wieder aus dem Default User gezogen bzw. vorgegeben.