Du musst die Komplette Zeile, die in die Datei geschrieben werden soll, maskieren.
Woher soll das System sonst wissen, das du nicht die Funktion des Zeichens und des Commands brauchst, sondern das Symbol und den Command als Text.
Du kannst also direkt sagen:
echo D:\deinPfad\deineDatei.abc ^| ^clip > neuebat.bat
Dann sollte in neuebat.bat dein:
Pfad | clip
stehen.
Gruß