Statt erst beim Drucken kann man in der Ansicht erst mal die Markups ausblenden, dann drucken und hinterher wieder einblenden:
https://administrator.de/forum/ausdruck-markups-standardm%C3%A4%C3%9Fig-deaktivieren-24823.html
Zusätzlich kann man noch eine Warnung vor dem Drucken aktivieren:
https://www.computerwissen.de/office/word/artikel/unbeabsichtigtes-drucken-von-kommentaren-verhindern.html