none
BxlServer error when using R to create a knitted document RRS feed

  • Question

  • This error keeps popping up at different stages of knitting an R document(Flexible Dashboard) using R markdown. The code compiles fine in RStudio but the knitting is almost always problematic.
    The error: "error while running BxlServer: caught exception: no message recieved from pipe"

    This is my session information:

     Session info ---------------------------------
     setting  value                       
     version  R version 3.4.3 (2017-11-30)
     os       Windows >= 8 x64            
     system   x86_64, mingw32             
     ui       RStudio                     
     language (EN)                        
     collate  English_United States.1252  
     ctype    English_United States.1252  
     tz       America/Chicago             
     date     2019-03-04                  

    - Packages ------------------------------------
     package          * version   date       lib source        
     acepack            1.4.1     2016-10-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     assertthat         0.2.0     2017-04-11 [1] CRAN (R 3.4.4)
     backports          1.1.3     2018-12-14 [1] CRAN (R 3.4.4)
     base64enc          0.1-3     2015-07-28 [1] CRAN (R 3.4.4)
     bindr              0.1.1     2018-03-13 [1] CRAN (R 3.4.4)
     bindrcpp         * 0.2.2     2018-03-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     bitops             1.0-6     2013-08-17 [1] CRAN (R 3.4.4)
     broom            * 0.5.1     2018-12-05 [1] CRAN (R 3.4.4)
     Cairo              1.5-9     2015-09-26 [1] CRAN (R 3.4.4)
     callr              3.1.1     2018-12-21 [1] CRAN (R 3.4.4)
     cellranger         1.1.0     2016-07-27 [1] CRAN (R 3.4.4)
     checkmate          1.9.1     2019-01-15 [1] CRAN (R 3.4.4)
     class              7.3-14    2015-08-30 [2] CRAN (R 3.4.3)
     classInt           0.3-1     2018-12-18 [1] CRAN (R 3.4.4)
     cli                1.0.1     2018-09-25 [1] CRAN (R 3.4.4)
     cluster            2.0.6     2017-03-10 [2] CRAN (R 3.4.3)
     codetools          0.2-15    2016-10-05 [2] CRAN (R 3.4.3)
     coefplot         * 1.2.6     2018-02-07 [1] CRAN (R 3.4.4)
     colorspace         1.4-0     2019-01-13 [1] CRAN (R 3.4.4)
     CompatibilityAPI   1.1.0     2018-02-01 [2] local         
     cowplot          * 0.9.4     2019-01-08 [1] CRAN (R 3.4.4)
     crayon             1.3.4     2017-09-16 [1] CRAN (R 3.4.4)
     crosstalk          1.0.0     2016-12-21 [1] CRAN (R 3.4.4)
     curl               3.1       2017-12-28 [2] local         
     data.table         1.12.0    2019-01-13 [1] CRAN (R 3.4.4)
     DBI                1.0.0     2018-05-02 [1] CRAN (R 3.4.4)
     dbplyr           * 1.3.0     2019-01-09 [1] CRAN (R 3.4.4)
     desc               1.2.0     2018-05-01 [1] CRAN (R 3.4.4)
     devtools         * 2.0.1     2018-10-26 [1] CRAN (R 3.4.4)
     digest             0.6.18    2018-10-10 [1] CRAN (R 3.4.4)
     dplyr            * 0.8.0.1   2019-02-15 [1] CRAN (R 3.4.4)
     DT               * 0.5       2018-11-05 [1] CRAN (R 3.4.4)
     dygraphs         * 1.1.1.6   2018-07-11 [1] CRAN (R 3.4.4)
     e1071              1.7-0.1   2019-01-21 [1] CRAN (R 3.4.4)
     ellipsis           0.1.0     2019-02-19 [1] CRAN (R 3.4.4)
     evaluate           0.13      2019-02-12 [1] CRAN (R 3.4.4)
     flexdashboard    * 0.5.1.1   2018-06-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     forcats          * 0.4.0     2019-02-17 [1] CRAN (R 3.4.4)
     foreach            1.4.5     2018-02-01 [2] local         
     foreign            0.8-69    2017-06-22 [2] CRAN (R 3.4.3)
     Formula          * 1.2-3     2018-05-03 [1] CRAN (R 3.4.4)
     fs                 1.2.6     2018-08-23 [1] CRAN (R 3.4.4)
     generics           0.0.2     2018-11-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     geojson            0.3.2     2019-01-31 [1] CRAN (R 3.4.4)
     geojsonio        * 0.6.0     2018-03-30 [1] CRAN (R 3.4.4)
     GGally           * 1.4.0     2018-05-17 [1] CRAN (R 3.4.4)
     ggplot2          * 3.1.0     2018-10-25 [1] CRAN (R 3.4.4)
     ggrepel          * 0.8.0     2018-05-09 [1] CRAN (R 3.4.4)
     glue               1.3.0     2018-07-17 [1] CRAN (R 3.4.4)
     googlesheets     * 0.3.0     2018-06-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     gridExtra          2.3       2017-09-09 [1] CRAN (R 3.4.4)
     gtable             0.2.0     2016-02-26 [1] CRAN (R 3.4.4)
     haven              2.1.0     2019-02-19 [1] CRAN (R 3.4.4)
     Hmisc            * 4.2-0     2019-01-26 [1] CRAN (R 3.4.4)
     hms                0.4.2     2018-03-10 [1] CRAN (R 3.4.4)
     htmlTable        * 1.13.1    2019-01-07 [1] CRAN (R 3.4.4)
     htmltools          0.3.6     2017-04-28 [1] CRAN (R 3.4.4)
     htmlwidgets      * 1.3       2018-09-30 [1] CRAN (R 3.4.4)
     httpuv             1.4.5.1   2018-12-18 [1] CRAN (R 3.4.4)
     httr               1.4.0     2018-12-11 [1] CRAN (R 3.4.4)
     IDPmisc          * 1.1.19    2019-02-12 [1] CRAN (R 3.4.4)
     iterators          1.0.9     2018-02-01 [2] local         
     jqr                1.1.0     2018-10-22 [1] CRAN (R 3.4.4)
     jsonlite           1.6       2018-12-07 [1] CRAN (R 3.4.4)
     knitLatex        * 0.9.0     2015-06-27 [1] CRAN (R 3.4.4)
     knitr            * 1.21      2018-12-10 [1] CRAN (R 3.4.4)
     labeling           0.3       2014-08-23 [1] CRAN (R 3.4.4)
     later              0.8.0     2019-02-11 [1] CRAN (R 3.4.4)
     lattice          * 0.20-35   2017-03-25 [2] CRAN (R 3.4.3)
     latticeExtra       0.6-28    2016-02-09 [1] CRAN (R 3.4.4)
     lazyeval           0.2.1     2017-10-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     leaflet          * 2.0.2     2018-08-27 [1] CRAN (R 3.4.4)
     leaps            * 3.0       2017-01-10 [1] CRAN (R 3.4.4)
     lubridate        * 1.7.4     2018-04-11 [1] CRAN (R 3.4.4)
     magick             2.0       2018-10-05 [1] CRAN (R 3.4.4)
     magrittr           1.5       2014-11-22 [1] CRAN (R 3.4.4)
     maptools           0.9-5     2019-02-18 [1] CRAN (R 3.4.4)
     margins          * 0.3.23    2018-05-22 [1] CRAN (R 3.4.4)
     MASS             * 7.3-47    2017-02-26 [2] CRAN (R 3.4.3)
     Matrix           * 1.2-15    2018-11-01 [1] CRAN (R 3.4.4)
     MatrixModels       0.4-1     2015-08-22 [1] CRAN (R 3.4.4)
     matrixStats        0.54.0    2018-07-23 [1] CRAN (R 3.4.4)
     memoise            1.1.0     2017-04-21 [1] CRAN (R 3.4.4)
     MicrosoftML      * 9.3.0     2018-02-11 [2] local         
     mime               0.6       2018-10-05 [1] CRAN (R 3.4.4)
     modelr             0.1.4     2019-02-18 [1] CRAN (R 3.4.4)
     mrsdeploy        * 1.1.3     2018-02-11 [2] local         
     mrupdate           1.0.1     2018-02-01 [2] local         
     munsell            0.5.0     2018-06-12 [1] CRAN (R 3.4.4)
     nlme               3.1-131   2017-02-06 [2] CRAN (R 3.4.3)
     nnet               7.3-12    2016-02-02 [2] CRAN (R 3.4.3)
     olapR            * 1.0.0     2018-02-11 [2] local         
     openintro        * 1.7.1     2017-09-08 [1] CRAN (R 3.4.4)
     pander             0.6.3     2018-11-06 [1] CRAN (R 3.4.4)
     pillar             1.3.1     2018-12-15 [1] CRAN (R 3.4.4)
     pkgbuild           1.0.2     2018-10-16 [1] CRAN (R 3.4.4)
     pkgconfig          2.0.2     2018-08-16 [1] CRAN (R 3.4.4)
     pkgload            1.0.2     2018-10-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     plotly           * 4.8.0     2018-07-20 [1] CRAN (R 3.4.4)
     plyr             * 1.8.4     2016-06-08 [1] CRAN (R 3.4.4)
     prediction         0.3.6.2   2019-01-31 [1] CRAN (R 3.4.4)
     prettyunits        1.0.2     2015-07-13 [1] CRAN (R 3.4.4)
     processx           3.2.1     2018-12-05 [1] CRAN (R 3.4.4)
     promises           1.0.1     2018-04-13 [1] CRAN (R 3.4.4)
     pryr               0.1.4     2018-02-18 [1] CRAN (R 3.4.4)
     ps                 1.3.0     2018-12-21 [1] CRAN (R 3.4.4)
     purrr            * 0.3.0     2019-01-27 [1] CRAN (R 3.4.4)
     quantreg         * 5.38      2018-12-18 [1] CRAN (R 3.4.4)
     R6                 2.2.2     2017-06-17 [2] CRAN (R 3.3.2)
     rapportools        1.0       2014-01-07 [1] CRAN (R 3.4.4)
     RColorBrewer     * 1.1-2     2014-12-07 [1] CRAN (R 3.4.4)
     Rcpp               1.0.0     2018-11-07 [1] CRAN (R 3.4.4)
     RCurl              1.95-4.11 2018-07-15 [1] CRAN (R 3.4.4)
     readr            * 1.3.1     2018-12-21 [1] CRAN (R 3.4.4)
     readxl             1.3.0     2019-02-15 [1] CRAN (R 3.4.4)
     remotes            2.0.2     2018-10-30 [1] CRAN (R 3.4.4)
     reshape            0.8.8     2018-10-23 [1] CRAN (R 3.4.4)
     reshape2           1.4.3     2017-12-11 [1] CRAN (R 3.4.4)
     RevoMods         * 11.0.0    2017-05-23 [2] local         
     RevoScaleR       * 9.3.0     2018-02-11 [2] local         
     RevoUtils        * 10.0.7    2018-01-02 [2] local         
     RevoUtilsMath    * 10.0.1    2017-09-19 [2] local         
     rgdal              1.3-9     2019-02-21 [1] CRAN (R 3.4.4)
     rgeos              0.4-2     2018-11-08 [1] CRAN (R 3.4.4)
     rlang            * 0.3.1     2019-01-08 [1] CRAN (R 3.4.4)
     rmarkdown        * 1.11      2018-12-08 [1] CRAN (R 3.4.4)
     rpart            * 4.1-11    2017-03-13 [2] CRAN (R 3.4.3)
     rpivotTable      * 0.3.0     2018-01-30 [1] CRAN (R 3.4.4)
     rprojroot          1.3-2     2018-01-03 [1] CRAN (R 3.4.4)
     rstudioapi         0.9.0     2019-01-09 [1] CRAN (R 3.4.4)
     rvest              0.3.2     2016-06-17 [1] CRAN (R 3.4.4)
     scales           * 1.0.0     2018-08-09 [1] CRAN (R 3.4.4)
     sessioninfo        1.1.1     2018-11-05 [1] CRAN (R 3.4.4)
     sf                 0.7-3     2019-02-21 [1] CRAN (R 3.4.4)
     shiny              1.2.0     2018-11-02 [1] CRAN (R 3.4.4)
     sp               * 1.3-1     2018-06-05 [1] CRAN (R 3.4.4)
     SparseM          * 1.77      2017-04-23 [1] CRAN (R 3.4.4)
     srvyr            * 0.3.4     2019-01-20 [1] CRAN (R 3.4.4)
     stringi          * 1.3.1     2019-02-13 [1] CRAN (R 3.4.4)
     stringr          * 1.4.0     2019-02-10 [1] CRAN (R 3.4.4)
     summarytools     * 0.9.2     2019-02-22 [1] CRAN (R 3.4.4)
     survey           * 3.35-1    2019-01-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     survival         * 2.41-3    2017-04-04 [2] CRAN (R 3.4.3)
     testthat           2.0.1     2018-10-13 [1] CRAN (R 3.4.4)
     tibble           * 2.0.1     2019-01-12 [1] CRAN (R 3.4.4)
     tidyr            * 0.8.2     2018-10-28 [1] CRAN (R 3.4.4)
     tidyselect         0.2.5     2018-10-11 [1] CRAN (R 3.4.4)
     tidyverse        * 1.2.1     2017-11-14 [1] CRAN (R 3.4.4)
     units              0.6-2     2018-12-05 [1] CRAN (R 3.4.4)
     useful             1.2.6     2018-10-08 [1] CRAN (R 3.4.4)
     usethis          * 1.4.0     2018-08-14 [1] CRAN (R 3.4.4)
     V8                 2.0       2019-02-07 [1] CRAN (R 3.4.4)
     viridis          * 0.5.1     2018-03-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     viridisLite      * 0.3.0     2018-02-01 [1] CRAN (R 3.4.4)
     withr              2.1.2     2018-03-15 [1] CRAN (R 3.4.4)
     xfun               0.5       2019-02-20 [1] CRAN (R 3.4.4)
     xml2               1.2.0     2018-01-24 [1] CRAN (R 3.4.4)
     xtable             1.8-3     2018-08-29 [1] CRAN (R 3.4.4)
     xts              * 0.11-2    2018-11-05 [1] CRAN (R 3.4.4)
     yaml             * 2.2.0     2018-07-25 [1] CRAN (R 3.4.4)
     zoo              * 1.8-4     2018-09-19 [1] CRAN (R 3.4.4)

    [1] C:/R/Rpackages
    [2] C:/Program Files/Microsoft/R Client/R_SERVER/library

    Any assistance will be much appreciated. Thanks!


    • Edited by LHSRdev Monday, March 4, 2019 5:53 PM Further clarification
    Monday, March 4, 2019 4:58 PM