Igen, a virtualizációt értettem a "saját verzió" alatt.
Természetesen, ha azt akarom, hogy a telepítő elvégezzen valamit, amit eddig nem, akkor újra kell gyártanom a programom telepítő csomagját. :) Nem is ez volt a gond, hanem hogy miben mit állítson be a telepítő, vagy mit futtasson, hogy a program megfelelően fusson. Itt a megoldás, hogy a cacls -t kell meghívnia a megfelelő paraméterekkel. Köszönöm a választ, tökéletesen működik!