Hola.
En cuanto a instalación, SBS trae wizards para todo, mientras 2003 ent. tienes que saber como administrar un servidor.
Por otra parte, SBS trae exchange y en la versión premium, isa y sql principalmente , mientras que 2003 enterprise solo viene con el sistema operativo.
Limitaciones:
SBS 75 equipos y las limitacions propias de 2003 standard , principalmente por los 4 gb. de Ram.
2003 enterprise, no tiene limitación de ram, mejor o imprescincible para hacer cluster, etc.