Dependiendo de que problemas tengas, puede que los tengas en la nueva implementación. Ahora bien, si puedes tener un S4B en paralelo y migrar los usuarios, de hecho es la forma que tienes de hacer una migración de forma nativa y sin perdida de servicio.
A grandes razgos, seria, modificar tu topologia actual, agregar el nuevo servidor, instalar, configurar y luego empezar a mover usuarios al nuevo pool, luego una vez finalizado debes remover el antiguo Lync Server.
acá hay un paso a paso desde 2013 (pero es igual para Lync 2010)
http://www.santiagobuitragoreis.com/migracion-paso-a-paso-de-lync-server-2013-enterprise-a-skype-for-business-2015-enterprise/
Su "marcar como respuesta" es mi sueldo :D