Hola Masagut,
Tu pregunta es muy generica y requeriría una respuesta muy extensa.
En cuanto a si las estaciones de otra vlan pueden utilizar WSUS no existe ningún problema, siempre que el dispositivo de capa3 intermedio enrute correctamente el tráfico entre ambas vlans. WSUS trabaja con el puerto 80 (http), puedes verificar la conexión
desde cualquier estación de la otra subnet ejecutando desde un shell -> telnet <ip_wsus> 80
Si la conexión se abre, entonces la conectividad es correcta y podrás realizar los updates correctamente.
Respecto a la configuración de WSUS, te recomiendo que inviertas unas horas en leerte la documentación y a partir de ahí, podremos ayudarte sobre consultas más especificas si es que las tienes. WSUS es un producto bastante sencillo e intuitivo, seguro que
lo consigues.
Info WSUS (multilingüe) ->
http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=24421
Un saludo.
Julio Rosua
MCP / MCSA / MCSE Engineer