Hola...
Para incrementar la seguridad en el acceso es importante la conexión via VPN.
Sin embargo ten en cuenta que la realización de la misma ocupa una pequeña porción de ancho de banda, que si bien no es mucho, en conexiones lentas o de mala calidad es frecuente que provoque un corte en la comunicación.
Finalmente deberíamos analizar que hacer con los datos.
Los caminos son varios y dependerá del escenario, necesidades planteadas y recursos para determinar cual elegir.
1) FTP: Suele ser la primera en la se piensa pero no siempre es la mejor.
Si bien es un método simple de transferir archivos, a veces enlentece el tráfico con el server remoto. No tiene autenticación.
2) DFS: Es un camino interesante, en el cual de manera automática se sinconizan entre los file servers la información especificada aunque se encuentren en vínculos remotos. La misma es automática y es utilizado en muchos escenarios de sucursales para que todos los miembros de una organización accedan a los datos.
http://www.microsoft.com/windowsserver2003/technologies/storage/dfs/default.mspx
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyID=5e547c69-d224-4423-8eac-18d5883e7bc2&DisplayLang=es
3) Terminal Server (TS): Este camino también es muy atractivo. A través de este deberías agregar un server adicional al SBS en el site principal, y permitir que los usuarios de las sucursales inicien sesión en él. Los datos podrían ser almacenados en el mismo TS o mejor aún si se hace sobre el servidor de archivos.
http://www.microsoft.com/windowsserver2003/techinfo/overview/quickstart.mspx
En cualquiera de ellos tendrías los datos resguardados en el site principal donde podrías hacer un backup centralizado.
Ten presente las distintas variables en la que podrán interactuar con los mismos datos los usuarios locales y de las sucursales y la necesidad de una conexión activa, ya sea dedicada o sobre Internet protegida por una VPN.
Saludos.