Hola,
La OU/s en la que se encuentra un usuario lo obtienes del DN Distinguished Name del usuario, para ello puedes ejecutar el comando
dsquery user -name Nombreusuario donde Nombreusuario es el nombre del usuario que quieres consultar y puedes utilizar el * como comodin.
En mi caso tengo un usuario llamado Test_User dentro de una OU TestUsers , aqui puedes ver la salida del comando
C:\Users\Administrator>dsquery user -name Test*
"CN=Test_User,OU=TestUsers,DC=LABORATORIO,DC=LOCAL"
Si la OU TestUser pertenece a su vez a una OU superior llamada DomainUsers, la cosa queda asi
C:\Users\Administrator>dsquery user -name Test*
"CN=Test_User,OU=TestUsers,OU=DomainUsers,DC=LABORATORIO,DC=LOCAL"
Y Aqui tienes toda la ayuda del comando DSQuery
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc732952(WS.10).aspx
MCTS: Windows Server 2008 Active Directory, Configuring
