Buenas,
Comentarte que para distribuir paquetes por SMS lo puedes realizar con el comando Msiexec.exe y que ciertos ejecutables de programas puedes extaraer sus paquetes .msi por ejemplo del framework:
dotnetfx.exe /t:c:\temp /c extrae del ejecutable el paquete .msi
Pero si tu quieres tener .msi con las configuraciones que tu quieres, no por defecto, puedes utilizar diversos programas, yo te recomiendo uno con el que he trabajado, que se llama Adminstudio de la empresa Macrovision.
Saludos.MCSE Formador y Consultor Microsoft.