Si estás buscando entre herramientas libres, a parte de Nagios n ose que más decirte.
Si es software con Licencia yo te recomendaría System Center Operations Manager 2007 SP1 va bastante bien.
http://www.microsoft.com/en-us/server-cloud/system-center/operations-manager.aspx
A parte de eso puedes generar scripts que lancen las aplicaciones básicas de chequeo de directorio activo, como DCDIAG con algunos parámetros, REPADMIN para las replicaciones.
Aquí te dejo algo de info sobre que monitorizar:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/bb727046.aspx
Aqui te dejo algunos scripts vbs que puedes lanzar para tener tu propio sistema de monitorización, los puedes programar para que se ejecuten los lunes o el los días que desees y tener una visión global de lo que está sucediendo
en tu Directorio activo:
http://www.activexperts.com/network-monitor/windowsmanagement/adminscripts/monitoring/ad/
Salu2!,
Dani Gracia - Madrid España
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Por favor, marca como propuesta o como respuesta la que haya solucionado tu problema.<
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