Hola Maikol,
Puede deberse a un problema de permisos, recuerda que el RBAC de Exchange 2013 no entrega ni al Administrador Enterprise todos los permisos para realizar todas las tareas.
Intenta desde PowerShell a ver si con el Bypass tienes mejor suerte:
Search-MessageTrackingReport -Identity "Tu Usuario" -Sender "destino@dominio.com" -BypassDelegateChecking -DoNotResolve
Los permisos que necesitas para la tarea de "Message Tracking" son:
Organization Management, Records Management y Recipient Management.
Espero te sea de ayuda!
Saludos,
Jesús Peñaranda| MCP,MCT,MCTS,MCITP,MCSA,MCSE