Hola mikent,
Te recomiendo que eches un vistazo a TechNet:
http://technet.microsoft.com/es-es/library/gg398616(v=ocs.14).aspx
Partiendo de aquí hay multitud de enlaces y la misma información en documentos que te puedes descargar. Primero deberías mirar la Introducción y la Planeación para tener una mejor idea de Lync y, de ese modo, saber cómo os encajaría
en tu empresa y qué deberíais hacer.
Aparte de esta información, hay diversos tutoriales y "paso a paso" de la instalación en diferentes blogs y foros, pero te recomiendo que estudies previamente la información de dicho enlace.
Un saludo.
