Hola Belas, es un procedimiento soportado, obviamente las VMs tienen que estar apagadas cuando realices la actualización a R2, no pueden estar en estado guardado.
Cuando realizas la actualización a R2 se ejecuta un reporte de compatibilidad que te indicará si tu servidor físico de Hyper-V puede actualizarse a R2. Si tienes snapshots (instantáneas) de tus VMs revisa si
son online u offline puesto que los online snapshots no son compatibles entre 2008 y 2008 R2. Por último tendrás que actualizar los servicios de integración (IS) de tus VMs.
Puedes revisar el siguiente KB para mayor información:
http://support.microsoft.com/kb/957256/es
Saludos.
