Hola Maveryck,
Puedes usar la herramienta WSUSUtil.exe (ubicada en \Archivos de programa\Update Services\Tools) para mover las actualizaciones y reconfigurar WSUS para que use la nueva ubicación para las siguientes descargas de nuevas actualizaciones. El comando
seria:
wsusutil.exe movecontent [path de la nueva ubicacion] [nombre fichero log]
ISi quieres, puedes añadir la opción -skipcopy para reconfigurar WSUS sin mover las descargas actuales.
Puedes ver la información completa del comando WSUSUtil, en el link:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc720466(WS.10).aspx
Suerte
Un saludo
GregoJ.