Bueno, acabo de encontrar la solución, según la misma documentación del CD de instalacíón:
Para configurar los parametros por defecto del firewall client hay que editar los archivos de la siguiente ruta:
C:\Documents and Settings\All Users\Datos de programa\Microsoft\Firewall Client 2004
management.ini
[WebBrowser]
EnableWebProxyAutoConfig=1 (en 0 estara desactivado por defecto)
common.ini
[Common]
ServerName=NombreServer
Disable=0
Autodetection=0
Saludos
Raul