Hola Moxblue,
Si es posible, aunque en tu caso al tratarse de cuentas POP3 el procedimiento sería bastante complejo.
Resumiendo, ya que el desarrollo sería bastante extenso, se trata de crear un archivo PRF (Outlook Profile Config File). Este fichero incluye toda la configuración de un perfil (tipo de cuenta, ubicación psts, autenticación, encriptación...).
Una vez definido, desde shell (o en caso de scripting desde un objeto shell) se trata de llamar a Outlook con el argumento "/importPRF <prf path>" con esto se nos crearía un nuevo perfil con las configuraciones especificadas en el archivo PRF.
Desde el fichero PRF se pueden usar variables de entorno lo cual facilita en el caso de exchange trabajar con un único PRF. En el caso de POP3 al existir usuario/pwd diferente para cada buzón, sería necesario disponer de un PRF específico para cada usuario
lo cual hace el proceso bastante laborioso...
Revísate este enlace y comprueba si ves viable la realización en tu caso. http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc179062.aspx
Yo lo he utilizado para crear automáticamente perfiles en procesos de migración de exchange pero en este caso es más simple, en el tuyo tendrás que valorar tú si es válido.
Un saludo
Julio Rosua