No queda del todo claro la forma en la que tienes configurada tu infraestructura o el resultado que deseas.
Por lo que entiendo tienes un Servidor Exchange 2003 que se encarga de las cuentas POP3 y un servidor Exchange 2007 que se encarga del "relay" hacia las cuentas de POP3
Realmente lo unico que debes hacer es jugar un poco con los dominios aceptados y los conectores (smarthost) que mencionabas, Desde 2007, realiza pruebas de get-messagetrackinglog para que puedas detectar en donde se encuentran los correos cuando no se reciben.
Te puedes apoyar del siguiente articulo de Technet para mejor orientacion en cuanto a como configurar los conectores/routing groups:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/aa998186%28v=exchg.141%29.aspx
De ser posible da un poco mas de información
saludos
Saludos cordiales | Systems Integration Advisor | MCITP-MCSA-MCT-MVP
