Hola Erick.
En realidad no hay ningun inconveniente en Agregar tu Servidor Dynamics GP al dominio, solo debes considerar trabajar y administrar con el User Admin como Admin de Dominio tambien, pero los procesos de los usuarios se mantienen tal cual ya que ellos ingresan
al Dynamics GP a nivel de conexion SQL Server y no de Windows, asi que para ellos es transparente.
Si trabajas con Reporting Services for Dynamics GP si hay que tener en consideracion estos temas, pero si solo usas el Core de Dynamics GP pues no tendras complicaciones.
Saludos,
Juan Rafael
JR