El tema es que no podrias agregar este dominio B con windows 2003 al dominio Windows server 2008 Nativo , ya que no es un sistema operativo soportado, por lo cual en ese caso deberias upgradear ese servidor con 2003 a Windows Server 2008. O bien , podrias utilizar relaciones de confianza como bien mencionas.
Aqui tienes informacion sobre crear los distintos tipos de Relaciones de Confianza
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc740018(WS.10).aspxInformacion sobre los modos funcionales del dominio
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc771132(WS.10).aspx