Mikent,
¿Como estas? Las rutas de replicacion quedaran como estan actualmente, debes verificar que los controladores de dominio que aun posees repliquen entre si.
Por lo que te recomiendo volver a crear las rutas de la manera mas eficiente segun tu infraestructura fisica de networking.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc757117(v=ws.10).aspx
Saludos,
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