En Windows Vista, 7, 8, 8.1 y sus versiones Server correspondientes, "Archivos de programa" es un enlace a la carpeta real "Program Files" cuya existencia se justifica por motivos de compatibilidad. No es aconsejable modificar los permisos predefinidos.
"Documents and Settings", "Mis documentos", "Mi música", "Mis vídeos" y otros enlaces funcionan de forma similar y sirven al mismo propósito.
La ubicación real es Program Files aunque en ocasiones pueda aparecer traducida.
No puedo garantizar a priori que mis respuestas sean exactas y acordes a los problemas descritos, pero por lo menos yo no las voy marcando como propuestas o definitivas sin saber si han sido útiles o no. Sobre todo no me gusta que lo hagan los moderadores.
Tampoco vinculado a Microsoft.