Buen dia,
yo tengo aplicado eso mismo en un servidor, a la carpeta principal en la viñeta de security y share les di permisos de change a todos los grupos, full control solo tiene Domain admin
luego en cada carpeta que se encuentran dentro de la principal , te vas a propiedades y en la viñeta de security solo tenes que agregar al grupo que debe tener acceso a esa carpeta y listo.
nota: en cada carpeta que esta dentro de la principal tenes que desactivar la opcion para que no herede las propiedades de la carpeta principal.
cualquier consulta estamos a la orden...
Saludos