Hola Claudio,
Si lo que quieres es transferir los roles FSMO al Server 2008 para despromover el 2003, sigue los pasos indicados en el siguiente enlace...
How to view and transfer FSMO roles in Windows Server 2003
http://support.microsoft.com/kb/324801
Para despromover un Controlador de Dominio 2003 sigue lo indicado en el siguiente enlace...
Demote a domain controller
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc740017(WS.10).aspx
Asegúrate de que todos tus equipos cliente y servidor tengas en su DNS primario exclusivamente el DC 2008 (que asumo será DNS también) y elimina las posibles referencias al DNS 2003.
Suerte.
Check my qualifications here.
Check my blog here.