Debes tener a la vista la barra de comandos, en caso contrario un clic derecho sobre cualquier espacio libre en la barra superior de Internet explorer 9 y se selecciona.
En Herramientas un clic en Ver descargas, en la esquina inferior izquierda clic en Opciones, alli se selecciona la carpeta de descarga que se quiera sea la predeterminada. en este caso no hay forma que pregunte nada, al hacer clic en guardar siempre ira
alli.
Tal como leiste, al hacer clic en "Guardar como..." se puede seleccionar la carpeta donde se quiera cada vez que se descargue algo y elegir una ubicacion distinta cada vez si se quiere. Solo es cuestion de probar con cualquier descarga.
Saludos cordiales. Ivan