Guga,
El procedimiento es muy simple y no necesitas dejar a los usuarios sin servicio...
Cuando tengas el servidor nuevo solo debes instalar Windows Server 2003, instala los parches , DNS , y ejecuta dcpromo, en el wizard debes seleccionar que este sera un controlador de dominio Adicional para un dominio existente.
Si no hay problema con que lo migres a Windows 2003 siempre y cuando este server cumpla con los requisitos de la HCL
http://www.microsoft.com/whdc/hcl/default.mspx
Para migrar archivos y mantener permisos o bien puedes usar robocopy herramienta incluida si no me equivoco en el resource Kit de Windows 2003
O bien FSMT
http://www.microsoft.com/spain/windowsserver2003/evaluation/nt4/upgrade/msfsc.aspx
Si encuentras algún obstáculo al realizar los pasos indicados, coméntalo aquí y con gusto te ayudaremos, ok?
Un saludo,
Átilla Arruda - Microsoft Corporation
Blog: http://www.atillaarruda.com.br/