Hola David, te recomiendo que primero te hagas una leida al Help de Lync Server donde tenes un detalle mas profundo de la arquitectura.
Alli encontrarás cuales con las reglas que debes crear y los puertos asociados para el Firewall que tengas, ya sea TMG o algo en Linux como me ha tocado en clientes en la sección Deploy .
Lo importante es respetar los Nateos de las IPs publicas que asocias a cada uno de los servicios en el EDGE, ACCESS, WEBCON y AV.
http://www.microsoft.com/downloads/en/details.aspx?FamilyID=9720c3f1-ddd4-426b-b98a-f1205561ce00
Ahi te pasé el Link de Descargar.
Para encontrar la configuración que necesitas hace un query con "Determining External A/V
Firewall and Port Requirements" y verás que te dale una tabla bastante completa con servicios, puertos y configuraciónes.
Hasta quizás este link te ayude a resolver algunas dudas conceptuales que posiblemente tengas del producto y su funcionalidad.
Saludos
Heber Gonzalez Consultor en Infraestructura y Mensajería Microsoft