Hola,
ademas de lo que comenta el compañero, que sera lo que te indicara quien esta modificando los permisos, me gustaria añadir con vuestro permiso que desde una GPO tambien se pueden cambiar permisos sobre carpetas y fichero y quizas tengas algo
configurado de esta manera. Para ello revisa tus GPOs y verifica en las que se aplican en los servidores de ficheros afectados la categoria
Computer Configuration-->Windows Settings-->Security Settings-->File System ya que quizas estes especificando ahi una seguridad diferente a la que configuras manualmente y cuando esa GPO se le refresca al servidor este cambia la
seguridad establecida.
Por otro lado, el "Full control" es un tanto peligroso si no se utiliza bien y se lo asignas a un grupo de usuarios que no sean administradores ya que esos usuarios pueden llegar a tomar posesion de la carpeta y modificar sus privilegios a su antojo
impidiendo que otros usuarios pueda acceder a ella, te animaria que revises que usuarios tienen acceso a esas carpetas y mires combinaciones de seguridad que les permita trabajar sin la necesidad de darles Full Control.
Revisa tambien que no tengas ninguna GPO o Script que utilice la herramienta
secedit.exe ya que con esta se puede cambiar la seguridad de ficheros y carpetas mediante linea de comandos ( y scriptarlo para hacerlo de forma desatendida) y quizas alguien la utilizase y configurase incorrectamente.
Revisa tambien cuantos usuarios administradores tienes en tu dominio y habla con ellos, quizas alguno activo algun cambio que tu desconoces.
Saludos!!
MCITP: Server Administrator (Windows Server 2008)
