Hola Edu,
probaste instalando alguna aplicación con extensión .msi/.exe?.
Valida que el cliente agente Windows Intune se instale correctamente. Revisaste que no exista alguna política de seguridad que esté monitoreando o impida la instalación?
Si aparece algún error o código, envíamelo.
Quedo al pendiente de la información,
Saludos.
Jesús Enrique Gonzales Azcarate [Colaborador de Comunidades Microsoft]