El certificado por defecto no hay que desinstalarlo, tan solo hay que crear uno nuevo y asignarle los servicios que necesites, IIS, SMTP, POP, etc... Puedes hacer la solicitud desde la propia consola EMC e importarla en la CA de tu dominio.
Si ya tienes un certificado público puedes importarlo con su clave privada incluida, desde la consola EMC y, de igual modo, asignarle los servicios.
Al igual que Exchange 2007, Exchange 2010 necesita de certificados para poder enviar y recibir correos o para autenticar el cliente de Outlook.
Saludos.