Buenas o no me he enterado bien de lo que quieres o no te explicaste bien.
Creo entender que tienes un servidor con Windows 2000 y quieres pasarlo a Windows 2003???
Lo de que no puedes cambiar la contraseña, no se si te refieres a la del Administrador o que???
No se que tiene que ver el IIS entodo esto???
Saludos....