Pues no. No es así: funciona perfectamente.
Aunque tu razonamiento parece correcto y si fuese así no habria manera de instalar excepto jugando con la Bios en el arranque en discos diferentes... resulta que los archivos de inicio son siempre de 32 bits y el cambio a modo 64 no sucede hasta que se ha cedido control al kernel del sistema. Por tanto los archivos de inicio son identicos en ambas versiones y de esta forma se establece la compatibilidad.
Pasa lo mismo con XP y XP64, por ejemplo, o con las versiones server de 64 bits.
Un saludo,
