Hola,
Se me ocurre que pruebes creando una nueva GPO y configurando permisos sobre el sistema de ficheros de la siguiente manera:
* Configuracion de Equipo\Configuración de Windows\Configuración de seguridad\Sistema de Archivos\
Aquí añadirías el disco C: (%SystemDrive%) y perfilarías los permisos teniendo en cuenta que deberás aplicar sólo en la raiz y no en los siguientes subdirectorios ya que no podrías escribir o leer desde ellos. Espero que te sirva.
