Los destrozos causados por un virus (y las "limpiezas" de los antivirus) suelen ser muchas veces no solucionables. Es por ello por lo que se insiste en las buenas practicas para evitarlos.
En cualquier caso, ¿no te reconoce una unidad de disco? ¿o cualquier dispositivo USB?... si es lo primero verifica que exista en \windows\inf el archivo usbstor.inf. Comentame estos puntos.
Un saludo,
