Estimado,
La primera pregunta seria, el porque querer deshabilitar 2000 cuentas? recuerda que así estén deshabilitadas, esto representa un hilo de seguridad.(Recuerda que si una empresa te va hacer alguna auditoria, fracasarías al tener 2000 usuarios deshabilitados.)
Lo otro seria; si ya sabes que las tienes que deshabilitar, que opción vas a tomar:
Ejemplo: Usuarios que lleven mas de tres meses sin loguearse.
Teniendo esta información te puedo apoyar.
Saludos.
Edwin Duran Ospina