SQL Server Management Studio es siempre una aplicación de 32 bits (no existe versión de 64), y por eso al instalar la aplicación se instala el cliente de 32 bits, que es el que la aplicación necesita.
Si quieres el Native Client en 64 bits, ejecuta el Setup del SQL Server de 64 bits (y no el del Management Studio), y en los componentes a instalar marca únicamente el checkbox de los componentes cliente.