Hola Mikent.
La manera de realizar esto es a traves de Lync PowerShell. Ejemplos de esto esta documentado en la liga: https://technet.microsoft.com/es-mx/library/gg398711(v=ocs.15).aspx ( Enable-CsUser )
Con permisos de administrador de Lync Server ( CsAdministrator ) puedes habilitar usuarios masivamente, por ejemplo por unidad organizacional. Aquí el comando buscará a todos los que pertenecen al departamento: Finance y los habilitará para Lync Server.
En el ejemplo el valor "atl-cs-001.litwareinc.com" pertenece al nombre de tu pool de Lync Server y despues del -Sipdomain "litwareinc.com" pertenecerá al dominio sip de Lync correspondiente.
Get-CsAdUser -LdapFilter "department=Finance" | Enable-CsUser -RegistrarPool "atl-cs-001.litwareinc.com" -SipAddressType SamAccountName -SipDomain litwareinc.com
El siguiente comando hará un filtrado por todos los usuarios de Active Directory que no estan habilitados a Lync y los habilitará en tu infraestructura.
Get-CsAdUser -Filter {Enabled -ne $True} | Enable-CsUser -RegistrarPool "atl-cs-001.litwareinc.com" -SipAddressType SamAccountName -SipDomain litwareinc.com
Saludos Cordiales.
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