Hola,
Has de mirar que no influyan las políticas que tengas definidas en la gpo de la raiz del dominio. Piensa que si das permiso a algo en una gpo pero a su vez eso mismo está restringido en una gpo que sea raiz de esta prevalecerá la restriccíón de la gpo de la raiz.
Un saludo, no sé si es este el problema, según lo preguntas todo pinta a que sea esto.
Si consideras que esta respuesta te ha servido a tu pregunta, te agradecería la pudieses marcar como válida. Gracias