Buen dia JuanPin , por lo que entiendo tienes por ejemplo un sitio delegado a TU DNS en el linux , como DNS secundario tienes puesto a tu ISP (Estimo que estamos hablando de un servicio WEB verdad ? ) O sea que en este caso tu isp tambien tiene cargada la zona correspondiente a tu dominio en cuanto a DNS no existe la posibilidad de DNS terciario. Lo que tendrias que hacer es una zona primaria en tu Windows 2003 server y ahi dar de alta la zona correspondiente a tu dominio , de todas maneras esto no tendria mucho sentido si los dos estan corriendo bajo la misma IP publica , o sea si para tolerancia a fallos interna, pero no externa que supongo sera tu objetivo no ?
En cuanto a la configuracion del DNS te dejo un documento de Daniel Matey que habla de la configuracion BASICA del servicio de DNS de windows
http://dmatey.spaces.live.com/Blog/cns!3B6FB47901ABC772!1687.entry
Slds.
Buenas practicas para el uso de los foros
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