Hola:
Yo te recomendaría más que una migración una actualización. Una migración por decirlo en pocas palabras es pasar todos tus objetos de active
directory del dominio actual a un dominio nuevo en Windows 2008. Una actualización es agregar un controlador de dominio con Windows 2008 a tu dominio actual, pasar las funciones de maestros de operaciones, configurar tu catalogo global y dns en el nuevo
servidor y el servidor antiguo con Windows 2000 se puede ir.
Te adjunto un link que te ayudara a comprender este proceso y te ira guiando en la manera de hacerlo.
http://download.microsoft.com/download/5/B/D/5BD5C253-4259-428B-A3E4-1F9C3D803074/Upgrade_from_Windows_2000_Server_to_Windows_Server_2008_R2.docx
Suerte y si tienes alguna duda, no dudes en consultarme.
Juan Valenzuela
MCT, MCSA, MCSE, MCITP