Jorge,
Como supongo debes haber visto, la informacion de columnas personalizadas en los distintos tipos de listas no aplican para las carpetas. Para lograr esto, debes crear lo que se llaman Tipos de Contenidos (en ingles Content Types). Estos tipos de contenido, que tambien aplican para documentos, te permiten crear carpetas con columnas personalizadas que son indexables y, por lo tanto, funcionaran en el sistema de busqueda.
El proceso en general consiste, en primer lugar, en crear el tipo de contenido a nivel del sitio y, posteriormente, en la lista que deseas usarlo, habilitar la administracion de tipos de contenido y despues vincularlo.
En este link http://office.microsoft.com/en-us/sharepointserver/HA100997781033.aspx?pid=CH101237641033 encuentras como crear un tipo de contenido a nivel de sitio y en este link http://office.microsoft.com/en-us/help/HA101106061033.aspx?pid=CL100605171033 encuentras como vincularlo a la lista que desees.
Cuentame si esto resuelve tu inquietud.
Saludos,
Hugo Martinez Granada ( ::HMG:: )
http://www.xpait.com
XPAIT Ltda.