Es lo mejor, quemarlo a DVD, de todas formas, tengo mas de media docena de DVD con versiones de Vista, ademas en idiomas distintos, y no he tenido problemas de instalacion nunca, asegurate que el ISO esta bien, utiliza siempre fuentes oficiales para bajarlo y no tengas el sistema con otro tipo de bajadas mientras lo haces con Vista.
Que tipo de problema o error obtienes?
Tambien Microsoft te da la opcion, por poco dinero, de enviarte a casa un DVD.
Aqui tienes la direccion oficial de bajada o pedido de DVD:
http://www.microsoft.com/windowsvista/getready/default.mspx