Hola
un grupo de trabajo no tiene existencia para hacer una relacion de confianza con un dominio.
No veo en que la agregacion de la maquina en un dominio puede molestar una aplicacion.
Despues de la integracion, todas las cuentas locales siguen funcionando, como la aplicacion.
Ademas, puedes probarlo, y quitar el dominio si, por mala suerte, habia un problema particular.
Muchos saludos.