Hola, tal y como lo describes, el que no pueda abrir los ficheros, no parece directamente un problema de Sahrepoint.
Confirma con tu administrador si recientemente ha cambiado algo en la VPN, alguna regla en el firewall/router, etc
Todo apunta a que a traves de la VPN se está 'capando' puertos/protocolos diferentes del 80. Por eso, pueden ver los ficheros y la intranet (al navegar si se usa el protocolo http/https) pero al abrir el fichero se usa otro diferente y parece que ese es el que se capa.
Puedes hacer varias pruebas:
- en las agencias, en alguna biblioteca, ponerla en la vista del explorador (se hace desde el combo que aparece a la derecha de la biblioteca, ese que te pone 'todos los elementos', a ver si funciona. Si da un error es que está capando el netbios (puerto/protocolo)
- probar si abre ficheros diferentes del pdf (p.ej word o excel). Normalmente los pdf se abren integrados dentro del navegador, y se ha cambiado la seguridad del navegador (o has actualizado de la version 6 a la 7) puede fallarte en los pdf, pero no debería hacerlo en los word/excel
El error del visor de suceso, aparentemente no tiene que ver con esto. Parece indicar que el motor de busqueda no puede acceder al Sharepoint.
Haria falta conocer tu topologia de red/instalacion, pero basicamente, revisa que no has cambiado la contraseña del usuario de acceso a base de datos indicado para la busqueda, y que le estas poniendo una url del wss buena, que la puede resolver...