Puede ser que el ping al nombre corto no responde porque estan en redes diferentes y el broadcast no pasa de red a red, se corta en los Routers (Salvo que expresamente configures lo contrario).
El nombre "netbios completo server.miserver.com.ar" es una confusión. Eso es el FQDN y lo mas probable es que te responda un DNS (O tambien la información del archivo HOST). Netbios seria "server".
Para que el nombre de netbios (Nombre corto) responda debes optar por
a) Configurar en el DNS Global Names (Si tenes al menos DNS en un Windows Server 2008 o superiror)
b) Configurar WINS
c) Configurar el archivo HOST
Esteban
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